Laboratorium Navigasi adalah laboratorium yang digunakan untuk kebutuhan pengenalan dan implementasi alat alat navigasi sehingga kompetensi taruna dalam melakukan kegiatan navigasi diatas kapal dapat terpenuhi. Matapelajaran yang menggunakan laboratorium ini adalah Navigasi, Ilmu Pelayaran Astronomi dan Ilmu Pelayaran Datar.
Penyelenggaraan kenavigasian merupakan salah satu wujud pelayanan pemerintah dalam menunjang keselamatan pelayaran diwilayah perairan Indonesia bagi kapal-kapal dalam negeri maupun luar negeri melalui penyediaan infrastruktur keselamatan bernavigasi dengan tingkat kehandalan yang sesuai dengan rekomendasi internasional.